🧪 Gaussian Copilot

Gaussian 工作流增强扩展：在 VS Code 中完成 .gjf 提交、.log/.out 可视化、批量操作与作业跟踪。

Why Gaussian Copilot

把“写输入文件 → 提交计算 → 看结果 → 回溯批次”放在一个编辑器里完成，减少命令行和文件管理的来回切换。

✨ Features

1) 一键提交与可视化

• 编辑器右上角：
  • 打开 .gjf 时显示 提交此gjf
  • 打开 .log/.out 时显示 可视化此log

2) 文件列表批量操作

• 在资源管理器中多选文件后右键：
  • Gaussian Copilot: 提交选中gjf文件
  • Gaussian Copilot: 可视化选中log文件

3) Gaussian 输出可视化

• 结构帧浏览与 3D 交互
• 频率模式与振动播放
• 能量变化曲线（支持点选联动）
• Overview / Thermo 信息面板

4) 作业时间线与状态跟踪

• 按时间批次分组显示提交记录
• 自动识别 qstat -u <username> 中该用户已在队列中的作业（含安装插件前提交的作业）
• 状态显示：排队中 / 运行中 / 已完成 / 失败 / 已取消
• 失败作业可显示原因摘要（如 L9999、SCF 不收敛等）
• 支持杀作业、重新提交选中 .gjf、删除单条、清理已结束作业

5) 作业结果快速定位

• 单击作业项即可跳转对应 .log/.out
• 作业右键可直接“可视化对应log/out”
• 作业右键支持“可视化选中log/out”“打开选中gjf”

🚀 Quick Start

1. 安装扩展并打开你的 Gaussian 工作目录。
2. 打开设置，配置提交命令模板：

{
  "chemAssist.submit.runCommandTemplate": "gsub {file}"
}

常见命令模板：

• gsub {file}
• g16 {file}
• bash /path/to/gsub.sh {file}

3. 打开任意 .gjf，点击右上角 提交此gjf。
4. 在侧边栏 Gaussian 作业看板 中查看状态和历史批次。

📦 Release Notes

详见 CHANGELOG.md。

⚙️ Configuration

Submit

• chemAssist.submit.runCommandTemplate：提交命令模板（占位符：{file}、{basename}、{dir}）
• chemAssist.submit.preCommands：预执行命令（保留项，便于兼容集群环境）

Job View

• chemAssist.jobs.autoRefreshSeconds：作业状态自动刷新间隔（秒，0 表示关闭）
• chemAssist.jobs.username：用于 qstat -u 的用户名；留空时自动从 USER/LOGNAME/USERNAME 推断

Parser

• chemAssist.parser.maxFrames：解析时保留的最大结构帧数

Viewer

• chemAssist.viewer.backgroundColor
• chemAssist.viewer.style
• chemAssist.viewer.stickRadius
• chemAssist.viewer.sphereScale
• chemAssist.viewer.vibrationFps
• chemAssist.viewer.maxDisplayedFrequencies
• chemAssist.viewer.autoZoomOnFrameChange

Templates

• chemAssist.templates.custom：自定义 .gjf 模板

🔄 Typical Workflow

1. 用模板生成/编辑 .gjf
2. 单个或批量提交作业
3. 在作业栏查看时间线与状态
4. 单击作业快速打开结果
5. 进入可视化面板检查几何、频率和能量变化

📝 Notes

• 推荐在 Linux / 集群环境中使用（如 CentOS + PBS）。
• 若使用 alias（例如 gsub），请确保扩展运行环境可访问该命令。
• 当调度器状态不可用时，扩展会根据输出文件内容推断“完成/失败”。

Development

npm install
npm run compile

按 F5 启动扩展开发主机。