🧪 Gaussian Copilot

Gaussian 工作流增强扩展：在 VS Code 中完成 .gjf 提交、.log/.out/.xyz 可视化、批量操作与作业跟踪。

Why Gaussian Copilot

把“写输入文件 → 提交计算 → 看结果 → 回溯批次”放在一个编辑器里完成，减少命令行和文件管理的来回切换。

✨ Features

1) 一键提交与可视化

• 编辑器右上角：
  • 打开 .gjf 时显示 提交此gjf
  • 打开 .log/.out/.xyz 时显示 可视化此log/out/xyz

2) 文件列表批量操作

• 在资源管理器中多选文件后右键：
  • Gaussian Copilot: 提交选中gjf文件
  • Gaussian Copilot: 可视化选中log/out/xyz文件

3) Gaussian 输出可视化

• 结构帧浏览与 3D 交互
• .xyz 单结构与多帧轨迹浏览；comment 行包含 Energy = ... 时显示能量曲线并支持点选联动
• 频率模式与振动播放
• 能量变化曲线（支持点选联动）
• Overview / Thermo / Next 分区信息面板
• 终止状态解析：区分正常结束、报错结束与运行中，并在工具栏/状态区展示
• 右侧面板与工具栏样式优化：更清晰的 glass 风格、按钮对比度与状态提示

Next 面板后续任务

• 分区式后续输入生成：
  • TS 过渡态搜索
  • Sol 溶剂化
  • 继续优化
  • IRC 路径验证
• TS 前后中间体 直接集成在 TS 区块中，可预览前/后位移并一次生成两个 OPT+FREQ 输入
• 支持 从当前帧继续优化：
  • 默认输出为原文件名后加 1（如 foo1.gjf）
  • 优先继承同目录同名 .gjf 的原始 route，适用于 TS / fix / opt 等任务中途续跑
• 支持 从当前帧进行Sol溶剂化 与 read 方法分开选择
• 记住上次选择的溶剂；自定义溶剂也会自动恢复

4) 作业时间线与状态跟踪

• 按时间批次分组显示提交记录
• 自动识别 qstat -u <username> 中该用户已在队列中的作业（含安装插件前提交的作业）
• 状态显示：排队中 / 运行中 / 已完成 / 失败 / 已取消
• 失败作业可显示原因摘要（如 L9999、SCF 不收敛等）
• 支持杀作业、重新提交选中 .gjf、删除单条、清理已结束作业

5) 作业结果快速定位

• 单击作业项即可跳转对应 .log/.out
• 作业右键可直接“可视化对应log/out”
• 作业右键支持“可视化选中log/out”“打开选中gjf”“下载选中log/out”

🚀 Quick Start

1. 安装扩展并打开你的 Gaussian 工作目录。
2. 打开设置，配置提交命令模板：

{
  "gaussianCopilot.submit.runCommandTemplate": "gsub {file}"
}

常见命令模板：

• gsub {file}
• g16 {file}
• bash /path/to/gsub.sh {file}

3. 打开任意 .gjf，点击右上角 提交此gjf。
4. 在侧边栏 Gaussian 作业看板 中查看状态和历史批次。

📦 Release Notes

详见 CHANGELOG.md。

⚙️ Configuration

Submit

• gaussianCopilot.submit.runCommandTemplate：提交命令模板（占位符：{file}、{basename}、{dir}）
• gaussianCopilot.submit.preCommands：提交前预执行命令（与提交命令在同一 shell 中顺序执行）

Job View

• gaussianCopilot.jobs.autoRefreshSeconds：作业状态自动刷新间隔（秒，0 表示关闭）
• gaussianCopilot.jobs.username：用于 qstat -u 的用户名；留空时自动从 USER/LOGNAME/USERNAME 推断

Parser

• gaussianCopilot.parser.maxFrames：解析时保留的最大结构帧数

Viewer

• gaussianCopilot.viewer.backgroundColor
• gaussianCopilot.viewer.style
• gaussianCopilot.viewer.stickRadius
• gaussianCopilot.viewer.sphereScale
• gaussianCopilot.viewer.vibrationFps
• gaussianCopilot.viewer.maxDisplayedFrequencies
• gaussianCopilot.viewer.autoZoomOnFrameChange

Templates

• gaussianCopilot.templates.custom：自定义 .gjf 模板

🔄 Typical Workflow

1. 用模板生成/编辑 .gjf
2. 单个或批量提交作业
3. 在作业栏查看时间线、调度状态与终止结果
4. 单击作业快速打开结果
5. 在可视化面板中检查几何、频率、能量曲线与终止状态
6. 在 Next 面板里直接生成 TS / Sol / 继续优化 / IRC 后续输入

📝 Notes

• 推荐在 Linux / 集群环境中使用（如 CentOS + PBS）。
• 若你在 macOS/Windows 使用 VS Code Remote SSH 连接到 Linux/PBS 服务器，扩展会在远端运行，按本地模式配置即可。
• Linux 下提交会优先使用 bash 并自动加载 ~/.bashrc，可直接使用 gsub 这类 alias。
• 若提交命令是脚本路径且遇到 Permission denied，扩展会自动回退为 bash <你的脚本命令> 重试一次。
• 当调度器状态不可用时，扩展会根据输出文件内容推断“完成/失败”。

Development

npm install
npm run compile
npm test
npm run package:vsix

按 F5 启动扩展开发主机。