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DICOM Viewer with MPR

DICOM Viewer with MPR

JDH-ALGO

|
7 installs
| (0) | Free
A VSCode extension for viewing DICOM images with Multi-Planar Reconstruction (MPR)
Installation
Launch VS Code Quick Open (Ctrl+P), paste the following command, and press enter.
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More Info

VS Code DICOM Viewer with MPR

DICOM Viewer Demo

插件介绍

VS Code DICOM Viewer with MPR是一款功能强大的医学影像查看器插件,允许您在Visual Studio Code中直接查看和操作DICOM和NIfTI格式的医学图像文件。该插件提供多平面重建(MPR)、3D可视化、分割可视化等高级功能。

本插件是citrus-v项目开发过程中使用的工具之一,旨在为医学影像研究提供便捷的查看和分析工具,同时跟vscode结合可以轻松打开远程服务器的医学影像相关文件。

相关链接:

  • citrus-v项目 repo:https://github.com/jd-opensource/Citrus-V
  • citrus-v论文 arxiv:https://arxiv.org/abs/2509.19090

功能特点

📊 多平面重建 (MPR)

  • 轴位视图:显示横断面图像
  • 矢状位视图:显示前后方向的切面图像
  • 冠状位视图:显示左右方向的切面图像
  • 3D视图:提供三维重建视角和交互式3D模型

🛠️ 交互式操作工具

  • 放大/缩小:调整图像显示比例
  • 平移:移动图像查看不同区域
  • 窗口/水平调整:优化图像对比度和亮度
  • 测量工具:测量图像中的距离和角度
  • 注释功能:在图像上添加标记和注释
  • 分割可视化:支持分割标签的3D表面重建

🔧 高级功能

  • DICOM支持:完整的DICOM文件读取和解析
  • NIfTI支持:支持NIfTI格式的医学图像文件
  • 分割处理:支持医学图像分割数据的3D可视化
  • VTK集成:基于VTK.js的高性能3D渲染
  • Python后端:使用Python服务器处理复杂的医学图像数据

⚡ 高性能处理

  • 基于Web Worker的后台处理,确保流畅的用户体验
  • 支持大型DICOM和NIfTI数据集的快速加载和渲染
  • 智能缓存机制,提高重复访问性能

安装方法

方法一:通过VSIX文件安装

  1. 下载或生成vscode-dicom-viewer-0.0.1.vsix文件
  2. 打开VS Code
  3. 按下Cmd+Shift+P (macOS) 或 Ctrl+Shift+P (Windows/Linux) 打开命令面板
  4. 输入并选择 "Extensions: Install from VSIX..."
  5. 浏览并选择.vsix文件进行安装
  6. 安装完成后重启VS Code以激活插件

方法二:从VS Code市场安装

  1. 打开VS Code的扩展面板(Cmd+Shift+X或Ctrl+Shift+X)
  2. 搜索 "VS Code DICOM Viewer"
  3. 点击 "安装" 按钮
  4. 重启VS Code以激活插件

Python配置

这个插件的读图程序使用python驱动的,所以为了正常使用本插件,需要事先安装python环境 本插件需要Python环境来运行NIfTI服务器和3D可视化功能。默认使用python3命令。

配置Python路径

  1. 打开VS Code设置(Ctrl+, 或 Cmd+,)
  2. 搜索 "DICOM Viewer"
  3. 在 "Python Path" 设置中配置Python可执行文件路径:
    • Linux/Mac: 默认 python3
    • Windows: 可能需要设置为 python 或完整路径如 C:\Python39\python.exe

Python依赖

确保安装了以下Python包:

pip install -r requirements.txt

或者手动安装:

pip install pydicom numpy SimpleITK vtk

依赖说明

  • pydicom: DICOM文件读取和解析
  • numpy: 数值计算和数组处理
  • SimpleITK: 医学图像处理和分析
  • vtk: 3D可视化和表面重建

使用方式

1. 打开医学图像文件

  • DICOM文件:在VS Code中打开包含DICOM文件的文件夹或单个DICOM文件
  • NIfTI文件:直接打开.nii或.nii.gz格式的医学图像文件
  • 分割文件:支持加载医学图像分割数据用于3D可视化

2. 启动DICOM查看器

  • 按下Cmd+Shift+P (macOS) 或 Ctrl+Shift+P (Windows/Linux)
  • 输入并选择 "DICOM Viewer: Open DICOM Viewer"
  • 插件将启动Python后端服务器并打开Webview面板

3. 多平面重建操作

  • 视图切换:在轴位、矢状位、冠状位视图间切换
  • 交互操作:使用鼠标进行放大、缩小、平移
  • 窗口调整:调整窗宽窗位以优化图像显示
  • 同步浏览:多个视图同步显示相同位置

4. 3D可视化功能

  • 3D重建:从DICOM序列生成3D模型
  • 分割可视化:将分割标签转换为3D表面网格
  • 交互式3D:旋转、缩放、平移3D模型
  • 多标签支持:同时显示多个分割结构

5. 高级功能

  • 测量工具:测量距离、角度等几何参数
  • 注释功能:在图像上添加标记和注释
  • 导出功能:导出3D模型为OBJ格式

技术规格

前端技术

  • 开发语言:TypeScript
  • 核心库:Cornerstone.js, dicom-parser, VTK.js
  • 3D渲染:VTK.js for WebGL-based 3D visualization
  • 图像处理:Cornerstone.js for DICOM image rendering

后端技术

  • 开发语言:Python
  • 核心库:pydicom, SimpleITK, VTK, numpy
  • 服务器:HTTP服务器,支持RESTful API
  • 缓存机制:智能缓存,提高重复访问性能

支持格式

  • DICOM格式:大多数标准DICOM图像格式
  • NIfTI格式:.nii, .nii.gz文件
  • 分割数据:支持医学图像分割标签
  • 导出格式:OBJ格式3D模型

兼容性

  • VS Code版本:1.80.0及以上版本
  • Python版本:3.7及以上版本
  • 浏览器支持:现代浏览器(支持WebGL)

注意事项

性能要求

  • 对于特别大型的DICOM数据集,首次加载可能需要一些时间
  • 为获得最佳性能,建议在现代多核处理器和足够内存的环境下使用
  • 3D可视化需要支持WebGL的现代浏览器

系统要求

  • 内存:建议8GB以上内存用于大型数据集处理
  • 显卡:支持WebGL的显卡,用于3D渲染
  • Python环境:需要正确配置Python路径和依赖

已知限制

  • 当前版本专注于DICOM和NIfTI格式的查看和基本分析
  • 复杂的医学图像后处理功能正在开发中
  • 某些特殊的DICOM私有标签可能不被完全支持

开发与构建

构建插件

使用提供的构建脚本:

chmod +x build.sh
./build.sh

开发环境设置

  1. 克隆项目到本地
  2. 安装Node.js依赖:npm install
  3. 安装Python依赖:pip install -r requirements.txt
  4. 编译TypeScript:npm run compile
  5. 在VS Code中按F5启动调试

项目结构

src/
├── extension.ts          # 主扩展文件
├── nifti_server.py       # Python后端服务器
├── nifti_reader.py       # NIfTI文件读取器
├── vtk_segmentation.py   # VTK分割处理
└── seg_to_vtp.py         # 分割转VTP格式

docs/
└── images/               # 文档图片目录
    └── dicom-viewer-demo.png      # 插件主界面演示

图片资源

README中使用的图片资源位于 docs/images/ 目录中。如需更新图片,请参考 docs/images/README.md 中的详细说明。

开发与贡献

如果您发现任何问题或有改进建议,欢迎提交Issue或Pull Request。

License

MIT License

致谢

本插件基于以下开源项目构建:

  • Cornerstone.js - DICOM图像渲染
  • dicom-parser - DICOM文件解析
  • VTK.js - 3D可视化和渲染
  • SimpleITK - 医学图像处理
  • pydicom - Python DICOM处理
  • VS Code Extension API - VS Code扩展开发
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